Gordon évekkel később újra felébred (G-Mannek köszönhetően) egy teljesen megváltozott világban.
A Földet a Combine nevű interdimenzionális birodalom uralja, a lakosság elnyomás alatt él.
Gordon csatlakozik a Lázadáshoz, és olyan karakterekkel dolgozik együtt, mint Alyx Vance, Dr. Eli Vance és Dr. Kleiner.
A történet végén Gordon felrobbantja a Citadella reaktorát, ezzel kiszabadítva a Földet az elnyomásból.